Outre la productivité et les teneurs du lait, de nombreux autres caractères influencent la ren­tabilité de la vache laitière. Ces critères sont rassemblés sous le terme général de caractè­res fonctionnels. Il s'agit notamment de la santé du pis, de la durée d'utilisation, de la ferti­lité, du déroulement du vêlage et de la précocité. Au sens large du terme, la morphologie pourrait également compter parmi les caractères fonctionnels.

La plupart des caractères fonctionnels n'accusent qu'une héritabilité faible à moyenne et pré­sentent parfois des corrélations génétiques défavorables avec les caractères de productivité. Souvent, une gestion adéquate du troupeau permet d'obtenir une certaine amélioration de ces critères. A long terme, l'amélioration génétique des caractères fonctionnels conserve néanmoins tout son intérêt.

Tous les caractères fonctionnels sont modélisés sur une échelle avec une moyenne de 100 et un écart-type génétique de 12. Pour tous les critères, des valeurs élevées sont souhaitées (à l'exception de l'aptitude à la traite, où l'on recherche des valeurs moyennes). Ainsi, un tau­reau avec un index de 120 apporte une amélioration sensible dans le critère concerné (c'est-à-dire un nombre de cellules bas, une durée d'utilisation longue, une aptitude à la traite ra­pide, un déroulement du vêlage facile, un taux de non-retour élevé, un délai de mise à la re­production court, une persistance élevée). Un taureau avec un index de 80 transmet quant à lui l'expression indésirable du critère.

Pour tous les caractères à l'exception de la durée d'utilisation, la base est constituée par les vaches nées six à huit ans auparavant.

Valeurs d'élevage pour les cellules somatiques

• L'environnement de la vache exerce une forte influence sur la santé du pis (déroulement de la traite, installation de traite, hygiène, etc.):
• Modèle du jour de contrôle - random régression: l'échantillon d'une vache est com­paré aux échantillons des autres vaches de la même exploitation prélevés le même jour. Estimation simultanée avec la production laitière (modèle multicaractère).
• Héritabilité moyenne.
• Des valeurs d'élevage sont publiées pour les taureaux (à partir de 65% de sécurité) et les vaches (au moins 5 pesées).

Valeurs d'élevage pour la durée d'utilisation

• Production laitière rentable: beaucoup de lait durant de nombreuses lactations ð permet de répartir les frais d'élevage sur le maximum de kg de lait.
• Problème de délai: trop de temps s'écoule jusqu'à ce que la durée d'utilisation effective de toutes les filles d'un taureau soit connue. Dans la pratique, les décisions de sélection sont prises dès que les valeurs d'élevage pour le lait et la morphologie sont disponibles.
• La méthode statistique de l'analyse de la durée de vie tient compte à la fois des filles éliminées et des filles encore en vie d'un taureau et permet d'estimer relativement tôt des valeurs d'élevage pour la durée d'utilisation.
• Des caractères auxiliaires ayant une corrélation élevée avec la durée d'utilisation fonc­tionnelle permettent d'établir une estimation préliminaire ð durée d'utilisation combinée. Les caractères auxiliaires utilisés sont le nombre de cellules, la profon­deur du pis, la note pour les membres ainsi que le délai de mise à la reproduction.
• Lors des choix de sélection, la précision des valeurs d'élevage n'est pas encore très élevée, mais on peut déjà distinguer des tendances. Une sécurité élevée s'établit pour les taureaux plus âgés, utilisés à large échelle. A ce niveau-là, on observe des différences importantes entre les valeurs d'élevage.
• Base: taureaux nés de 1981 à 1985, soit une base suffisamment ancienne, afin que le maximum de filles des taureaux concernés soient déjà éliminées et que la base soit sta­ble.

Valeurs d'élevage pour la fertilité

• La fertilité est une cause fréquente d'élimination et a donc une grande importance économi­que.
• Des valeurs d'élevage sont calculées pour la fertilité des filles des taureaux.
• Critères évalués :
• NRR filles = taux de non-retour 56: pourcentage des filles d'un taureau dont la pre­mière insémination est réussie (c'est-à-dire pas de deuxième insémination avant 56 jours).
• Intervalle vêlage - IA 1 = délai de mise à la reproduction: intervalle entre le vêlage et la première insémination.
• Publication: à partir de 65% de sécurité.

Valeurs d'élevage pour le déroulement du vêlage

• Déroulement direct et déroulement filles: des valeurs d'élevage sont estimées pour le déroulement direct des vêlages (est-ce que les veaux du taureau en question naissent facilement ou avec difficulté) ainsi que pour le déroulement des vêlages des filles (est-ce que les filles de ce taureau ont des vêlages faciles).
• Par la même occasion, on évalue les mort-nés et le poids à la naissance, car ces informa­tions contribuent à la précision de la valeur d'élevage pour le déroulement du vê­lage.